Как думаете, нужно проставить штамп в паспорт на границе с Швейцарией (если вообще это делают)? Чтобы на следующий раз при подаче на швейцарскую визу точно не придрались?

Какая граница имеется в виду?

Если у вас не мультивиза и есть серьезные опасения, что следующий раз при подаче таки могут прикопаться (и если доказательств нет, что вы были в Швейцарии по их визе), то, имхо, тогда лучше, наверно, выехать из Швейцарии через не-шенгенскую страну.. если есть такая возможность.

По крайней мере, я бы так сделала.