Подскажите, пожалуйста, если поездка в Японию и брони отелей на 4 человека, то надо всем вместе идти в визовый центр? Или это не важно

может идти один с доверенностями от остальных

по идее, если вы собрали полные комплекты документов на каждого и у подающего документы есть доверенность от остальных 3х, то должны принять

но стоит быть готовым, что остальным позвонят из посольства (это редкость, но такое бывает)

Каждый может подать по отдельности. Главное что бы у каждого были с собой документы на одобрение визы.