Я въехал в РФ по российскому паспорту, далее в Минск приехал по нему же. Могу ли я выехать из Минска в Вильнюс по американскому паспорту?

Можете выехать по русскому из Белоруссии и въехать в Литву по американскому

Можете. С 2 паспортами: США и РФ. 2 границы - спросят 2 паспорта