Подскажите, пожалуйста, как лучше добраться в час ночи с гостиницы, возле автовокзала в аэропорт Вильнюса? Если такси то какое лучше?

Bolt без проблем.

Ночью c чемоданами удобнее на такси, можно Uber, можно Bolt. Теоретически можно на автобусе, но ночной не останавливается у вокзала, нужно до рынка дойти.