Если получаешь визу в Испанию,но при перелете с пересадкой сперва пересечешь в Европе границу Италии,а потом оттуда сразу в Испанию,могут ли возникнуть проблемы в следующую подачу на визу?

Подтверждать пребывание в Испании не требуется, но это в ваших интересах.

Сохраните посадочные на перелет в/из Испании ( именно посадочные, а не билеты) и возьмите фактуры в отеле- это все можно приложить к документам при следущей подаче.