Поехать из Литвы в Москву гражданину Литвы по турвизе - какие практичные опции? Автобус Ecolines через Латвию? Или есть какие-то варианты перелётов покороче/дешевле?

Через Калининград на самолёте.

Гражданина Лт с российской турвизой не пропустят по земле через Беларусь. Иными словами, если автобусом, то через Литву на Калининград, откуда самолетом, либо автобусом в Псков и дальше самолет или поезд или через Эстонию на Петербург.

Думаю, что дешевле вариант на Псков, но смотрите еще обстановку на границе.

Гражданка Лт, по электронной ездила ,

В Москву где-то ждали 6-8 ч , назад из-за постройки ждали почти день , на латвийской границе тоже долго ждали паспорт