Считается ли транзитом, если я покупаю билет отдельно у разных авиакомпаний? Например, я хочу с Бали прилететь в Сингапур ( один билет)

Считается

Не только в связке, но и разными а/к

В Москву нет прямых рейсов, если у вас пересадка в Индонезии, то будут вопросы

Перелет в Москву должен быть не через Индонезию и внимательно считайте часы - 4 дня - должно быть не более 96 часов. Причем, от момента прилета до момента вылета, а не прохождения границы