Лечу в испанию по испанской визе через вену. пересадка с повторной регистрацией. могут возникнуть вопросы, почему в австрию прилетел с испанской визой? получается, что штамп въезда в ес будут ставить австрийцы?

Маловероятно, по факту туда летите. Да.

Летали с испанской визой в Вену в мае, у меня был открытый шенген и пограничник меня просто спросил в каких городах планирую побывать (были города Австрии и Германии). у мужа был новый неоткрытый испанский шенген, его пограничник ни о чем не спрашивал, просто шлепнул штамп о въезде и все. Но может нам повезло, у некоторых допросы были, просили показывать билеты до Испании, брони гостиниц