Подскажите, если у меня немецкий шенген, я приезжаю и иду подаваться на португальскую национальную визу? Чтобы затем делать ВНЖ. Какой запас по действию немецкого шенгена должен быть, чтобы я легально находился на территории ЕС?

Внутри Португалии нельзя делать национальную визу. Насколько я знаю

Главное, что вы въехали легально по шенгенской визе, надо сохранить документы о легальном въезде, лучше первые несколько ночей пожить в отеле, сохранить квитанцию из отеля тоже. Никакую визу внутри страны вы не получите. И не сможете выезжать из страны, пока не получите ВНЖ.