Скажите пожалуйста, паспорт с чипом как может помочь/упростить при процедуре временного ввоза авто из Эстонии в РФ?

С помощью паспорта с чипом можно создать усиленную подпись.

Так как только с такой подписью можно оформить возврат средств удаленно.

Читай подписать заявление.

Оплатить можно НЕ со своего.

А вот вернуть, опять же, удаленно, можно только на свой.

Так как доступные для возврата счета автоматически прогружаются в системе и надо только выбрать один из.

Вручную вписать нельзя.

Возможно это можно сделать, написав рукописное заявление, лично где-то на приеме в Псковской таможне.

(Не на МАПП).

МАПП заявления никакие не принимает и возвратом средств не занимается.