А отказать в проезде через границу с Литвой могут? С заполненым этим УПД.

Сама Литва не отказывает во въезде, могут высадить с поезда на границах Беларуси/России, если им что-то не понравится, но такое бывает крайне редко

При мне один раз беларусы высадили одного человека, им что-то не понравилось, но что именно не знаю

Когда билет купили, узнавайте, одобрен ли транзит через 28 часов, вроде, точно на меньше. Или в приложении ржд на инф к билету появляется отметка , или в кассе, где покупали.

Теоретически могут, но для этого надо иметь очень большие проблемы с литовским государством.