В Стамбул приехали на катере, можем ли мы улететь из него на самолёте, не возникнут вопросы ?

Вы же на въезде на территорию Турции прошли паспортный контроль. Не вижу каких то потенциальных проблем. Многие, например, прилетают самолётом а выезжают из Турции автобусом. Есть нюансы для тех кто приезжает на своей машине и потом вылетает самолётом т.к. машина остаётся в Турции. Если катер ваш личный и на него есть таможенные ограничения, узнайте подробнее. Машины, к примеру, обязательно оставлять на спец стоянке и уведомлять таможню о выезде, иначе большие штрафы.