Подскажите по опыту, не успеваем к консульской проверке поставить апостиль на справки о несудимисти, что скажет консул и пошлет ли на повторную или можно дослать им потом?

Идите, как есть. Но, скорее всего, пойдёте на повторную.

мы проходили КП в СПб в январе. Никто апостили не смотрит на консульсклй проверке.

Это лотерея как я понимаю. У меня консул только взглянул на справку, апостиль не смотрел. А больше эту справку никто не смотрел, ни в консульстве, не в Израиле...