Подскажите пожалуйста если поехать на экскурсию в Боснию штам поставят в паспорт?

Естественно. Но нужно проверить.

Были случаи, когда не ставили, так что нужно сразу его проверить и при необходимости подойти ещё раз.Ну...и на всякий случай: после выезда за границу, особенно при постановке штампа, нужно снова в туристичку идти.

Боснийцы поставят свои, а черногорцы обычно ставят один, последний

Черногорцы не ставят штамп на выезд. Это для них нормально, боснийцы ставят оба штампа. То есть в результате у вас будет три штампа.