Такой вопрос, я могу подать на визу через консульство Японии без прописки в Санкт-Петербурге? Я здесь работаю и есть временная регистрация, но загранпаспорт выдан в другом городе.

можете. у них без привязки к региону

Если в паспорте стоит штамп временной регистрации, то никаких вопросов: на территории СЗФО вы находитесь законно. Подавайтесь без проблем.

Нет привязки к региону, можно в любом консульстве/посольстве подаваться в стране проживания