Вопрос! Я заехала через Грузию в Армению по загранпаспорту, обратно самолётом. На сайте написано, что нужен внутренний российский паспорт. Не будет ли проблем, если я заехала по одному паспорту, а выезжать буду по другому?

Выезжайте лучше по одному и тому же , не делайте путаницу ненужную

Не будет проблем,я так делала )

Это где, на каком сайте такое написано? Граждане РФ могут вылетать из Армении в Россию по любому из паспортов: как по загранпаспорту РФ, так и по внутреннему паспорту РФ... Ну и соответственно купить билет из Армении в Россию можно на любой из этих паспортов...

Погранконтролю без разницы на какой паспорт вы купили билет. Можете купить билет на внутренний, а пограничнику на вылете дать загран.