Подскажите пожалуйста как лучше покупать билеты на жд поезд например из Токио в Киото. Можно ли это купить на жд вокзале ?

Можно. В кассе и в автомате

Можно купить и на жд вокзале, а можно купить онлайн

Если вы планируете кататься из Токио в пригороды, то проходить будете по суйке ( Аналогично Осака-Киото-Нара, я оплачивала все по суйке).

Если из Токио в Киото, то это синкансен, лучше купить заранее (есть два вида поездов, в одном доступны вагоны без резерва места и времени, в другом поезде только зарезервированные места и четкое время отправления)