Кто подскажет почему на июль нету мест в купе на поезд до Москвы или только верхние полки? Они позже появляются или их так и не будет?

Высокий сезон, большой спрос на билеты. Периодически проверяйте, люди сдают купленные билеты. Возможно РЖД разместит билеты в следующие вагоны. Первично в продажу поступают билеты только в несколько вагонов состава.

Ближе к дате могут выложить купе и нижние полки ( часто такое бывает ).

Их разбирают сразу после открытия продаж на этот день, могут появиться потом несколько мест если кто - то сдаст билет, но это на удачу.

Потому что, этим поездом, особенно летом, пользуются не только туристы из России, но и европейцы, использующие Калининград, как перевалочный пункт. Нагрузка во многом зависит от расписания каникул и праздников в Германии. Если ваши даты совпадают с ним, не стоит рассчитывать на чудо в виде купейных билетов, или даже хорошей плацкарты.