Знаю, что транспорт в Японии очень не дешевый. Про jr pass знаю, но ощущение, что с нашим маршрутом не очень выгодно.

не выгодно

Мы на 5 дней были, приблизительно такой же состав, покупали суйку, работает на разных линиях и сувенир )

В Токио есть билеты на метро на 2 дня(qr код), так же для детей билет дешевле, чем для взрослого. Но оплата картой онлайн и нужно немного "повозиться" на станции метро с сотрудником для получения билета)