Подскажите, будут ли какие-то штрафы или аннуляция, если купил билет на синкасен Японии по jr pass, но не поехал на нем, так как изменилось направление, нужно ли отменить ранее забронированный рейс?

Думаю, что нет. Реально не представляю, как это технически возможно) мы не бронировали места, садились в первые вагоны, всегда были места.

Штрафа не будет, но в автомате приобрести билет по тому же направлению на тот же день уже не сможете, только через кассу с возвратом старого.