Если подали уведомление о прибытии в Казахстан , то теперь есть 90 дней у гражданина России?

90 дней не зависят от уведомления. Они у Вас есть, если их не израсходовали.

90 дней с момента пересечения границы, не подачи уведомления. Включая дни заезда и выезда