Подскажите пожалуйста, может кто-нибудь сталкивался. Виза греческая однократная, если лететь через Стамбул-Барселона-Афины, могут ли быть проблемы на границе?

Теоретически не должно быть проблем. Вам обязательно обратят внимание в Турции, что виза однократная. Вы въезжаете по греческой визе в зону Шенген. Конечно, грекам будет немного обидно, что не через них въезд. Но это не смертельно