Подскажите, если имея ВНЖ в Казахстане, уехать в Россию больше чем на пол года,ВНЖ сам аннулируется? Кто сталкивался? Или нужно все-таки закрыть его? Кто закрывал поделитесь опытом как проходит процесс и сколько по времени?

Сам аннулируется.

"В выдаче разрешения на постоянное проживание в Республике Казахстан отказывается иностранцам и лицам без гражданства либо выданное ранее разрешение аннулируется:

Получившим разрешение на постоянное проживание и проживающим на территории Республики Казахстан менее ста восьмидесяти трех календарных дней в пределах любого последовательного двенадцатимесячного периода с даты выдачи разрешения на постоянное проживание."

Идите в миграционку договариваться. Если будут причины для выезда на больший срок, то не аннулируется. Главное уведомить заранее