Подскажите пожалуйста заполняю анкету на репатриацию в Израиль, еврейка бабушка по маме.

Если он не еврей, сильно спрашивать о нём не будут, но имя напишите на всякий случай. Если что, объясните ситуацию консулу. Ну и на всякий случай попробуйте получить ф4 с данными об отце, если получится, чтобы перестраховаться. Цена вопроса 200р У меня про маму не еврейка не спрашивали вообще, только как она относится к тому, что я уезжаю.

Не вписать отца в анкету не получится, на странице с данными родителей есть обязательные для заполнения поля, не получится перейти дальше, оставив их пустыми. Не так важно, записан ли он в вашем свидетельстве о рождении, биологически у каждого человека отец есть, просто напишите в анкете, что о своем знаете.