Мои родители ( граждане РФ) будут навещать меня в ЕС ( не Литва) и обратно домой в Москву собираются.

Можно сесть с Минске, если успеваете в зависимости от времени прилета в Вильнюс. Из Вильнюса до Минска автобус.

Можно из Вильнюса ехать в Минск на автобусе (билеты желательно покупать заранее) и там сесть на Янтарь, можно в Кибартай на автобусе или электричке, перейти границу пешком и там сесть на Янтарь. Или поехать в аэропорт Калининграда и там сесть на самолёт (в Москву или куда-то ещё в РФ).