Летим в Стамбул, вопрос, возможно, глупый, но, после онлайн регистрации как проходят на рейс (в самолёт)? Нужно стоять в очереди стойки все равно? Первый раз хотим зарегистрироваться онлайн.

Если вы без багажа, распечатываете посадочный и сразу идете на паспортный контроль. Если у вас есть багаж, то тогда в очередь на стойку регистрации, чтобы сдать его.

Про какой аэропорт речь?

На стойках регистрации может быть отдельная стойка где только багаж сдать уже зарегистрированным пассажирам.