У сестры ситуация: приехала в Бишкек в октябре, нашла квартиру, зарегалась, но через месяц съехала, с регистрации не снялась, но в новой квартире заново не зарегистрировалась, хочет съездить в Алматы.

Регистрация на полгода делается, смена квартиры никак не влияет, просто новую регистрацию с новым собственником когда старая кончится.

А вот если больше полугода прошло, то да, штраф

Если будет больше 30 дней в Казахстане, регистрация обнулится. А меньше - пожалуйста...