Если приходит перевод от зарубежного заказчика через Wise в GEL не считается ли это формально как перевод из Грузии.

Во-первых, и на переводы от грузинских заказчиков тоже действует малый статус и применяется, соответственно, налог 1%. Но такие переводы нужно считать отдельно, после 100 к лари от грузинских заказчиков Вы становитесь плательщиком НДС и, если у Вас не будет подвязан счёт в ЛК налоговой, лучше его заранее подвязать и самостоятельно сообщить в налоговую о приходах от грузинских заказчиков на Вайс. Потому что, да, может и считаться как платежи от грузинских заказчиков, если только это не конвертация в лари. Нужно ещё смотреть в таких случаях, откуда конкретно идут платежи.