Если по визе С не пропустили транзитом через Эстонию, с отметкой " представляет угрозу отдельным странам Евросоюза ", какие последствия, возможен ли повторный въезд?

Такое объяснения стандартно при отказе в выдаче визы. Вам такую пометку на границе поставили? Вас с такой визой и не должны были пускать транзитом. Уже пару лет такие правила. Через Эстонию, Латвию, Литву, Польшу и Чехию точно повторно пытаться бессмысленно. Летите в другие страны Шенгена через третьи страны. Только так. Ч этом случае пометка никакой роли играть не будет.