Подскажите, правильно понимаю, что из аэропорта Ханеда можно сесть на метро и доехать до центра? Читала про экспресс, но он идет 40 мин до центральной жд станции, метро как будто тоже. пытаюсь понять, это одно и то же или нет?

Можно Там все и везде можно, если речь о поездах)

Из ханеды можно уехать на метро или на монорельсе, оба идут с пересадками до центра (tokyo station)

Там вообще можно ехать на одном поезде, а ветка в какой-то момент меняет цвет линии, и то поезд был локальной электричкой стал городским метро. Поэтому, смотрите, куда садитесь, на одной станции могу остановиться поезда с разным маршрутом. И ещё , до какой-то станции Вы едете на экспрессе(пропускает некоторые станции), а после неё уже обычное метро со всеми остановками. И при этом Вы сидите и никуда выходить не нужно))