Хочу поехать в гости к маме в германию. Есть рф и биометрия украинская . Как лучше поступить?

Последнее предложение ваше правильно. Но можно и одной авиакомпанией на два перелета два паспорта.

Прилетая в Стамбул рф, вы и вылететь должны по рф. Билет и регистрацию можете на укр био. В ЕС показываете тогда укр био загранпаспорт. В рамках одной страны, главное правило по какому паспорту прилетели по тому и надо вылететь (пройти паспортный контроль).