Подскажите, пожалуйста, если мы хотим посетить chureito пагоду и озеро, куда нам лучше приехать из Токио сначала и как добраться до второй точки?

Как больше нравится, субъективно. Мне кажется прикольнее сначала на озеро так как оно дальше от Токио и оно большое - там много чего можно посмотреть - нагуляться там от души, а затем поехать на пагоду так как она и времени меньше по посещению занимает, и ближе к Токио (как бы вы ее на обратном пути посещаете, получается).

Выходите на Fuji-Q, к пагоде - пешком, затем в горку и до озера, с него на ст. Кавагучико.

Пагоду лучше смотреть с утра, потому что во второй половине дня фото знаменитого вида пагоды на фоне горы Фудзи будете делать против солнца. И очереди на обзорную площадку у пагоды сейчас ооочень длинные, а утром все-таки не такие апокалиптические. А гулять вокруг озера можно без очереди в любое время.