Планируем путешествие в Италию в июне. Хотим вернуться через Эстонию.

Из вредительства никто ничего не аннулирует. Визу могут аннулировать, если нарушены плавила/условия пользования Шенгенской визой. Въезд из Шенгена в Эстонию граждан РФ с визой С разрешен. Можете находиться в Эстонии сколько позволяет ваша виза, а не просто транзитом домой.

Виза итальянская? Как может Эстония аннулировать итальянскую визу?

Нет, они как раз выпускают хорошо.