Подскажите пожалуйста в программе для визы нормально будет, если у меня выезд из отеля в токио например 16го, а заселение в Осаку только 17го, а ночь с 16-17 провожу в ночном автобусе?

Да, главное, написать это обязательно в программе пребывания )

У меня также, но в консульстве такое не любят. Я бронировала отель в том числе на время ночного автобуса, а потом бесплатно отменяла после выдачи визы.

Я бы просто указала это в программе пребывания что-то типо night train trip to Osaka.