Подскажите, как быть с подтверждение дохода и места работы для самозанятых доя оформление визы в Японию?

Никак) ничем не доказывала. Распечатала из приложения справку, что зарегистрирована, как самозанятая. Взяла с собой инн и копию. Но не прикладывала к пакету и не спросили. Вроде еще нужна справка о доходах по сз за год. Но я не делала, т к последние полгода не фиксировала прибыль в системе. Ничего не прикладывала короче, ни по сз, ни справок с работы, только банковские выписки были с остатком.

Я указал, что я фрилансер. При этом у меня ИП, на визу отдал только справку об остатке из приложения банка, при получении попросили донести оригинал, который в ближайшем отделении сделали Все ок, визу дали «Фрилансер» советуют указывать и ИП, и самозанятым, так что полагаю, вам достаточно будет сделать так же.