Если денег на счету не достаточно, но скоро должны обналичить чек за квартиру, сумма на счету может уйти в минус, ну в кредит или чек не получится обналичить у владельца квартиры?

Если у вас зп не заходит на счет, то скорее всего у вас нет разрешенного минуса и чек вернется без покрытия. У вас будут проблемы. Лучше заранее предупредить хозяина квартиры и попросить чек вложить попозже, когда точно будут деньги.