Летим в Японию. Подскажите, а в Пекине , багаж забирать после того как оформили транзитную визу ? И если визу не выдали, багаж тоже во время транзита не выдают?)

Это зависит от того, как вы оформите багаж, когда приедете с чемоданом в первый аэропорт. Сдадите до конечной точки маршрута, то и получите в конечном пункте. Сдадите до Пекина, получать будете в Пекине. Надо обязательно багажную бирку проверить на регистрации багажа.