Подскажите можно ли въехать в Испанию по маршруту Стамбул Будапешт Аликанте с визой Д для проставления отпечатков пальцев или первый штамп должен быть в визе испанский.

Можно. Но в Аликанте нужно будет получить декларацию о въезде в полиции националь (в аэропорту или в городе) в течение трех суток после прилёта в Испанию. Посадочные и венгерский штамп в этом должны помочь.