Подскажите, если подавать на Шенген в Испанию в Джакарте, имея разрешение на временное проживание там, то в анкете указывать адрес прописки в РФ или адрес в Индонезии?

По логике в Индонезии, конечно. Подавая вне РФ следует указывать данные места нахождения и в тч подтверждение легальности пребывания в стране( либо какой-то документ, который позволяет вам обратиться за визой в той стране.)это общее правило.