Подскажите пожалуйста, залетал в Испанию с одним паспортом с визой Д полтора месяца назад. Получил резиденцию . Если я вылечу с другим чистым паспортом, без штампов, будут какие нибудь лишние вопросы у погранцов?

Всё будет нормально. Они знают, что бывает замена паспорта по разным причинам. Обычно ничего не спрашивают об этом.

У погранцов Испании точно не будет вопросов, потому что вы предъявите ВНЖ при выезде. В России не знаю. В любом случае, везите с собой предыдущий паспорт. На всякий случай.