Есть ли разница по какому паспорту лететь в Кыргызстан из РФ и назад, по внутреннему или по заграну?

И да и нет. когда въезжаешь по заграну - ставят штавп в нем. это можно использовать в качестве доказательства того, что ты легально попал в страну в случае, если въезжаешь по внутреннему российскому, никакой штамп не поставят и соответственно придется другим путем доказать законное пребывание ну, по крайней мере так в казахстане!