Мама получила в конце 90-ых гражданство Эстонии по натурализации , затем родилась я в самой Эстонии, паспорт у меня Эстонский.

Лучше с юристами проконсультироваться. РФ не требует отказываться от первого гражданства. ЭР не может лишить вас гражданства по рождению. Т. е. по всем признакам можете. Но вернее с профильным специалистом уточнить.