Если влетел в Армению из России по внутреннему паспорту, можно ли будет на поезде заехать в Грузию по заграну ?

Можно и даже нужно - только с загран сможете попасть в Грузию, но берите с собой внутр паспорт тоже, так как могут захотеть проверить по какому паспорту въехали в Армению.