Подскажите, пожалуйста, на букинге жилья Японии если написано «могут взыматься дополнительные сборы» означает что? надеюсь ни как в пендостане + 15% налог?

Нет там какие-то копейки при заезде попросить могут, не помню сколько уже, до 10 долларов.

Например, в Киото есть городской налог. Цены обычно без него указаны, а налог платится уже в отеле. 200 йен с человека в день. Наверно об этом.

Дополнительные налоги и сборы, если они есть, все указаны в бронировании букинга. То есть сюрпризом для вас они не станут.