Подскажите, пожалуйста - хочу поехать из Нагано в Осаку через Нагою - jr central имеет билет прям на все направление

Не очень понятно. Вероятно, вы маршрут построили до Осаки и выбрали дешёвый, вот вам и предлагают от нагои простыми электричками с пересадкой в майбаре. А так - синкансен от нагои до Син-Осаки ходит, дотуда его и ловите (и фильтр посмотрите, чтобы синкансены были включены и не было приоритета по дешевизне).