Подскажите, пожалуйста, гражданину РФ со вторым израильским паспортов можно приехать в Эстонию (не транзитом) с туристической целью из РФ?

Читал о случаях, когда из-за паспорта РФ израильтян заворачивали.

Можно. Цель поездки сейчас лучше не туризм. Придумайте другую.

Можно. Ездим так с детьми.