У меня один вопрос, я хотела приобрести машину в Эстонии ( также страховку Эстонии) , я гр-ка Эстонии, но живу в Германии.

Не должно быть проблем с оформлением в Эстонии никаких.

Купить можете, насчёт остального не уверен - позвоните или напишите в автогистр если вы зарегистрируете в Эстонии, то в Германии растамаживать не надо - вы будете ездить на Эстонских номерах а вот если захотите поставить на учёт по месту своего жительства а Германии, то придётся платить регистрационные сборы и возможно другие - надо смотреть по месту.

Можно купить так машину. Если машина новая, то покупаете без эстонского НДС, а по прибытии в Германию платите в германский ндс в свой финансамт. Если машина б/у, то платите продавцу полную ст-сть. Таможни не будет. Эстонию машина должна покинуть за 5 дней, номера и страховка действ. 1 м-ц. Почитайте сайт ADAC раздел Eigenimport, - там должна быть актуальная инфа.