Подскажите в какое время лучше пересекать границу Эстонии чтобы не попасть в очередь?

Ночь.

В теории можно посмотреть время отправления больших автобусов (три фирмы) и прибавив дорогу до Нарвы, учтя поезда прикинуть, когда не надо. На росс. стороне ещё учесть маршрутки... Но если своим ходом, то явно раннее утро и ночь..когда мало кто едет.