Подскажите если кто сталкивался с таким вопросом. По рабочему контракту на Кипре, налоговый резидент ( постоянно проживаю на Кипре).

На Кипре платите налоги с доходов по всему миру.

Платить надо на Кипре, если вы тут 183+ дня. Если в Молдове трудойстройство и какие-то налоги у вас заберут там - пытаться их вычесть на Кипре, если есть соглашение об избежании двойных налогов. Теоретически, работодатель в Молдове должен нанять вас как контрактора, а не по трудовому договору. и тогда он не платит, по идее.