Подскажите, пожалуйста, хотим через Италию заехать в Испанию, нам ставят штамп Италии и как они поймут, что я в Испании была большее количество дней и откатала визу верно.

Сохраняете boarding pass как вы летите в Испанию, и как в конце путешествия оттуда вылетаете.

При последующей подаче напишите сопроводительное письмо и приложите посадочные талоны до Испании и инсвойс из отеля в Испании.